Op DNA gebaseerde monitoring voor de beoordeling van het effect van invasieve soorten op aquatische gemeenschappen in het Amazonebekken van Ecuador

Traditionele biomonitoring van aquatische ecosystemen is tijdrovend, duur en vereist uitgebreide taxonomische kennis. Monitoring op basis van DNA heeft deze nadelen niet, maar er is wel een uitgebreide database nodig met DNA-sequenties van alle doelsoorten.

We stellen voor om een snel, op DNA gebaseerd monitoringsysteem te ontwikkelen, waarmee invasieve vissen en hun effecten op aquatische gemeenschappen in het Ecuadoraanse stroomgebied van de Amazone vroegtijdig kunnen worden opgespoord. Dit zal gedaan worden door het optimaliseren van de nanopore Next-Generation sequencing (NGS) techniek (MinION) die biomonitoring van tropische aquatische milieus mogelijk maakt. We streven ernaar om 1) een techniek te ontwikkelen op basis van snelle DNA-extracties, gecombineerd met de MinION-technologie voor de detectie van invasieve vissen in realtime en 2) nieuwe DNA-sequenties van amfibieën, macro-invertebraten en vissen op te nemen in de Ecuadoraanse DNA-database. We richten ons project op capaciteitsopbouw door het verbeteren van MinION-vaardigheden voor de vroege detectie van invasieve vissoorten en hun effect op aquatische gemeenschappen. We versterken de capaciteiten van personeel en studenten (lokaal en Belgisch) via thesis, praktische cursussen, veldwerk, trainingen en stages. Deze snelle detectie van invasieve soorten kan hun uitroeiing vergemakkelijken, de preventie van hun verdere verspreiding vergemakkelijken en effectievere acties voor het behoud van aquatische ecosystemen bevorderen.

Meer info

---

DNA-based monitoring for assessing the effect of invasive species on aquatic communities in the Amazon basin of Ecuador

Traditional biomonitoring of aquatic ecosystems is time-consuming, expensive and requires extensive taxonomical knowledge. DNA-based monitoring does not have these disadvantages, but an extensive database of DNA sequences of all target species is needed.

We propose to develop a fast, DNA-based monitoring system, enabling the early detection of invasive fish and its effects on aquatic communities in the Ecuadorian Amazon river basin. This will be done through the optimizing of the nanopore Next-Generation sequencing (NGS) technique (MinION) enabling the biomonitoring of tropical aquatic environments. We aim to 1) develop a technique based on rapid DNA extractions, combined with the MinION Technology for the detection of invasive fish in real time and 2) incorporate new DNA sequences of amphibians, macroinvertebrates and fishes into the Ecuadorian DNA database. We focus our project on building capacities by improving MinION skills for the early detection of invasive fish species and their effect on aquatic communities. We strengthen capacities of staff and students (local and Belgian) through thesis, practical courses, field work, trainings and internships. This fast detection of invasive species might facilitate their eradication, the prevention of their further spreading easier, and promotes more effective aquatic ecosystem conservation actions.

More info

Projectcoördinator HOGENT

Christine Van der heyden

Projectcoördinator

Universidad Regional Amazónica Ikiam

Looptijd

01/01/2020 - 31/12/2021

Financier

VLIR-UOS

Programma financier

VLIR-UOS Zuidinitiatieven / Short Initiative

Partners

Universidad Regional Amazónica Ikiam