Phage RealTime Amplification for Molecular Enumeration

Wegens de toenemende resistentie van bacteriën tegen antibiotica, is onderzoek naar andere antibacteriële therapieën cruciaal. Faagtherapie speelt in dit kader een belangrijke rol. Fagen zijn virussen die bacteriën infecteren op een zeer specifieke manier. De meeste fagen infecteren namelijk slechts één enkel bacterieel species en meestal ook nog maar enkele stammen binnen dat species. Een toenemend aantal artsen en onderzoekers erkent het potentieel van de faagbehandeling in de bestrijding van bacteriële infecties. In dit kader lopen er interventiestudies en zijn er nog talrijke studies gepland waarbij fagen toegediend worden aan patiënten voor de behandeling van specifieke bacteriële infecties. Binnen deze studies zijn methoden nodig om snel en nauwkeurig de verandering in bacteriële en virale load te bepalen om een kwalitatieve en kwantitatieve monitoring te kunnen uitvoeren van zowel de progressie van de infectie als van het therapeutisch agens, nl. de fagen. Momenteel wordt het faagaantal meestal bepaald op basis van cultuur gebaseerde titratie-methoden, een arbeidsintensieve methode met een beperkte nauwkeurigheid. In dit project willen we een methode ontwikkelen om de faag load te bepalen, gebaseerd op real time PCR of kwantitatieve PCR (qPCR). We zullen ons hiertoe richten op a) het optimaliseren van de DNA-extractie van fagen, omdat hiervoor momenteel geen commerciële kits beschikbaar zijn en b) op de optimalisatie van qPCR formats voor de 5 fagen aanwezig in de BacterioFaag2 cocktail die ontwikkeld is in het Koningin Astrid Militair Hospitaal voor de behandeling van majeure infecties bij brandwonden veroorzaakt door de bacteriën Acinetobacter baumanii, Pseudomonas aeruginosa en Staphylococcus aureus.

---

Phage RealTime Amplification for Molecular Enumeration

Because of the increasing resistance of bacteria to antibiotics, research into other antibacterial therapies is crucial. Phage therapy plays an important role in this context. Phages are viruses that infect bacteria in a very specific way. In fact, most phages infect only a single bacterial species and usually only a few strains within that species. An increasing number of physicians and researchers recognize the potential of phage treatment in the control of bacterial infections. Within this framework, interventional studies are underway and numerous more studies are planned in which phages are administered to patients for the treatment of specific bacterial infections. Within these studies, methods are needed to quickly and accurately determine the change in bacterial and viral load to provide qualitative and quantitative monitoring of both the progression of the infection and the therapeutic agent, i.e., the phages. Currently, phage counts are usually determined by culture-based titration methods, a labor-intensive method with limited accuracy. In this project, we aim to develop a method to determine phage load based on real-time PCR or quantitative PCR (qPCR). To this end, we will focus on a) optimising the DNA extraction of phages, as no commercial kits are currently available for this purpose, and b) on the optimisation of qPCR formats for the 5 phages present in the BacterioFaag2 cocktail developed at the Queen Astrid Military Hospital for the treatment of major burn injuries infections caused by the bacteria Acinetobacter baumanii, Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus.

Projectcoördinator HOGENT

Els Van Mechelen

Copromotor

Stefan Vermeulen

Looptijd

01/10/2016 - 30/09/2018

Financier

PWO-middelen

Partners

Universitair ziekenhuis Gent